Năm 1582, sau một trận ốm, Vương hậu Marguerite quay trở lại triều đình của anh trai tại Pháp. Nhưng Henry III nhanh chóng gặp vấn đề với danh tiếng của bà và buộc bà phải rời triều đình. Sau nhiều cuộc điều đình dài, bà được phép quay trở lại triều đình của chồng ở Navarra, nhưng với sự tiếp đón lạnh nhạt. Quyết tâm vượt qua khó khăn, Vương hậu Marguerite tổ chức một cuộc đảo chính và nắm quyền lực ở Agen, một trong những thái ấp của bà. Tuy nhiên, sau nhiều tháng củng cố thành phố, các công dân Agen nổi loạn và Vương hậu Marguerite phải bỏ chạy tới lâu đài tại Carlat.

Năm 1586, bà bị anh trai là Quốc vương Henry III, và rồi là chồng bà Henry IV, giam giữ tại lâu đài Usson, thuộc tỉnh Auvergne cũ, và bà đã phải ở đây trong 18 năm; bị giám sát bởi anh trai và chồng mình người đã hủy hôn với bà. Trong thời gian này, Vương hậu Marguerite đã viết cuốn hồi ký của mình. Năm 1589, Henry IV trở thành Quốc vương nước Pháp, ông không được lòng phần lớn dân Pháp đang theo Công giáo, điều này chỉ được cải thiện 4 năm sau khi ông đã cải đạo. Ông tiếp tục quan hệ với tình nhân của mình, Gabrielle d'Estrées, người đã sinh cho ông bốn con trai. Năm 1592, nhiều cuộc điều đình nhằm huỷ bỏ cuộc hôn nhân của bà với Henry IV đã xảy ra. Quá trình kéo dài tới 7 năm, và cuối cùng kết thúc vào năm 1599 với thoả thuận cho phép bà giữ lại danh hiệu Vương hậu xứ Navarra. Chồng của bà, Henry IV của Pháp về sau trở thành một trong những Quốc vương nước Pháp được yên mến và nổi tiếng nhất.